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Non so perché, ma ultimamente il modulo devel generate mi sta dando alcuni problemi.. in particolare, non riesce a creare associazioni decenti nodi generati/termini tassonomia.
Ma il tutto si può facilmente risolvere con un paio di query a livello database...

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TRUNCATE TABLE term_node;
INSERT INTO term_node (
  SELECT n.nid, n.vid, t.tid
  FROM `node` n
  CROSS JOIN `term_data` t
  ORDER BY rand() LIMIT 1000
)

In pratica, una volta creati Nn nodi e Nt termini della tassonomia, questa query per prima cosa svuota la tabella term_node contenente le associazioni nodo/termine, quindi la ripopola prendendo 1000 associazioni generate casualmente (cross-join tra termini e nodi [== prodotto cartesiano], ordinazione casuale, limitata ai primi 1000 elementi).